超濾設備的出水水質比較高，設備在運行前需要做一些準備，比如對水質的檢查：濁度、SDI值、PH值、細菌、微生物、余氯等，要達到設計要求進水指標后才可以輸入超濾系統，否則會破壞超濾設備。在運行之前還要對相關管路以及設備清洗，一方面是清洗掉碎屑、有害物質，另一方面是對系統做整體滅菌處理，以免細菌滋長影響水質。可以采用分段清洗的方式，按照工藝流程從前向后一次進行。再有就是對設備閥門檢查，保證可以正常開啟、關閉。

  早期的工業超濾應用于廢水和污水處理。隨著超濾技術的發展，如今超濾膜技術的應用領域已經很廣，主要包括食品工業、飲料工業、乳品工業、生物發酵、生物醫藥、醫藥化工、生物制劑、中藥制劑、臨床醫學、印染廢水、食品工業廢水處理、資源回收以及環境工程等等。